وفق موضوع فعالیت اساسنامه صندوق مصوبه هیئت محترم وزیران و همچنین عطف به دستورالعمل اجرایی بند «خ» ماده 4 آیین نامه تضمین معاملات دولتی (مصوبه شماره 123402/ت50659هـ مورخ 1394/09/22 هیئت وزیران) که به تایید سازمان برنامه و بودجه، بانک مرکزی و معاونت علمی و فناوری رئیس جمهور رسیده، استفاده نهادهای دولتی از ضمانت نامه های صندوق های پژوهش و فناوری بلامانع اعلام گردیده است. بر این مبنا صندوق امکان صدور انواع ضمانت نامه به شرح ذیل را برای شرکت های دانش بنیان/فناور دارد.
ضمانت نامه شرکت در مناقصه
تعریف:
سند تعهدآوری که برای تضمین انجام تعهد و عقد قرارداد در صورت برنده شدن در مناقصه برگزار شده و به منظور جبران ضرر و زیان ناشی از انصراف یا عدم ایفاء تعهد برنده در مناقصه به نفع طرف قرارداد صادر می گردد.
شرایط :
- ارائه اسناد شرکت در مناقصه، از جمله آگهی مناقصه الزامی است.
- رتبه اعتباری شرکت و هر یک از اعضا هیئت مدیره مناسب باشد.
- ودیعه نقدی: با توجه به نوع پروژه از 2 الی 10 درصد مبلغ ضمانت نامه
- کارمزد: به ازای ودیعه نقد معادل با 0.5 درصد و به ازای چک و سفته معادل با 2 درصد
ضمانت نامه حسن انجام تعهد/ کار 
تعریف:
سند تعهدآوری که برای تضمین و اطمینان از انجام درست و به موقع کار توسط پیمانکار یا خریدار در قبال بخشی از مبلغ ناخالص صورت حساب های هر دوره منطبق با شرایط قراردادی، صادر می گردد.
شرایط :
- ارائه قرارداد مرتبط با درخواست الزامی است.
- ارائه نامه درخواست کارفرما مبنی بر اخذ این ضمانت نامه الزامی است.
- رتبه اعتباری شرکت و هر یک از اعضا هیئت مدیره مناسب باشد.
- ودیعه نقدی: با توجه به نوع پروژه از 5 الی 10 درصد مبلغ ضمانتنامه
- کارمزد: به ازای ودیعه نقد معادل با 0.5 درصد و به ازای چک و سفته معادل با 2 درصد
ضمانت نامه پیش پرداخت
تعریف:
سند تعهدآوری که برای تضمین انجام تعهد پیمانکاران یا فروشندگان کالا و خدمات در قبال وجه پیش پرداخت دریافتی از سوی کارفرما یا خریدار، منطبق با شرایط قراردادی، صادر می گردد.
شرایط :
- ارائه قرارداد مرتبط با درخواست الزامی است.
- ارائه نامه درخواست کارفرما مبنی بر اخذ این ضمانت نامه الزامی است.
- رتبه اعتباری شرکت و هر یک از اعضا هیئت مدیره مناسب باشد.
- ودیعه نقدی: با توجه به نوع پروژه از 5 الی 10 درصد مبلغ ضمانتنامه
- کارمزد: به ازای ودیعه نقد معادل با 0.5 درصد و به ازای چک و سفته معادل با 2 درصد
